木瓜酵素其分解脂肪的能力可以說是木瓜最大的特色；細菌或黴菌等原始生命也都無法分解脂肪。

2. 木瓜酵素不論是在酸性、鹼性、甚至是中性的環境中發揮作用

木瓜酵素不像其他的酵素僅能在單一環境中發生作用與活性。

3. 木瓜酵素能強力分解食物或體內衰敗的細胞組織或老廢物

木瓜酵素就像是感應器一樣，有強力的選擇性來分辨出老舊、壞死、受傷、異常的細胞蛋白質加以分解，但不會對體內正常細胞產生任何作用。換而言之，它對癌症有效。

4. 木瓜酵素可以幫助消化

木瓜酵素可消化比本身重 35 倍的蛋白質。現代食物因過度烹煮、化學農藥、油炸食物和微波所造成較難消化的情況，而木瓜中其他的成分都有助於改善此缺失。

5. 木瓜酵素具有解毒作用

根據法國研究，木瓜酵素可化解白喉或破傷風的毒，甚至可以將化膿症的膿液溶解，再逐漸排出體外。對燒燙傷、褥瘡及頑固的異位性皮膚炎均可發揮療效。

6.木瓜酵素改善平衡失調的機能

日本醫學博士中川菜一指出木瓜酵素可改善平衡失調的機能，抑制過剩、補充不足、改善體質。它有分解脂肪的作用亦可分解血管內的中性脂肪和膽固醇。此外，分解醣的作用能夠提高醣的代謝，它可重建血管、健康血液，使全身血液迴圈順暢，恢復青春。

7. 木瓜酵素有助美容

木瓜酵素對肌膚乾燥或因為紫外線受傷的肌膚護理非常有效。