大豆中富含優良的蛋白質，但使用一般的調理方法，這些蛋白質都很難被腸胃吸收。
然而，在製作味噌的過程中，蛋白質在酵素的作用下水解為胺基酸，這些營養素的分子比較小，比較容易通過腸胃壁，更能被身體所吸收利用。
因此比起直接食用大豆，味噌更能讓身體吸收大豆裡的優良蛋白質；除了蛋白質外，醣類也會分解為小分子的葡萄糖。
味噌功效2：味噌防癌抗療，降低罹癌風險。
食用味噌愈多，罹癌率愈低；日本人是全世界吃生食最多的國家，但是腸胃病在日本卻很少發生。
根據日本國立癌症研究所的研究，味噌中的脂溶性物質能夠抑制癌症變異因子，降低體內積存的放射性物質。
在味噌湯食用量與胃癌死亡率的實驗中，已得知食用味噌湯的頻率愈高，胃癌的死亡率就愈低。
由於大豆異黃酮中含有天然的植物性雌激素，能夠防治乳癌、子宮內膜癌，近年來對於味噌與乳癌的相關研究也十分蓬勃。
廣島大學的伊藤教授在1999年，於日本癌症協會發表研究，指出攝取味噌能夠降低50%乳癌發生的機率。
日本厚生勞動省在 2003年也發表調查結果，顯示一天飲用三碗味噌湯的人，十年內的乳癌發生率能夠顯著減少40%，即使每天只喝兩碗，也能降低26%的乳癌發生率。
味噌功效3：味噌促進生理機能、抗老化
現行研究已經證實，大豆中含有維生素E、膽鹼、前列腺素 E、木質素異黃酮，能夠調節生理機能、促進循環、防止高血壓、抗老化。
而味噌在熟成的過程中，也會產生具高抗氧化力的物質，因此能夠有效地延緩老化。
味噌功效4：預防代謝症候群
大豆中含有不飽和脂肪酸，加上植物固醇和維生素E共同作用，可以降低血中總膽固醇和壞膽固醇（低密度膽固醇）、提高好膽固醇（高密度膽固醇），保持血管彈性，減少高血脂、高血壓和動脈硬化、腦中風、心肌梗塞等心血管疾病的風險。大豆中的植物纖維也有降低膽固醇的效果。
另外，味噌與味噌湯中的常見食材，如豆腐、海藻、昆布、珊瑚草等，都含有豐富的鈣質，能夠預防骨質疏鬆症。
值的注意的是，味噌因釀造過程的關係，含鈉量比較高，雖然調味時通常只會取少量味噌，但對於高血壓患者及腎功能不良的人，還是要注意一下食用味噌的份量。
