腐乳作為一種大豆發酵製品，不僅具有大豆本身含有的多種生理活性物質，如皂苷類，大豆異黃酮類等，而且由於微生物的發酵作用，產生了一些大豆沒有的生理活性物質，使得腐乳更具有營養和保健功能。

經微生物發酵後的豆腐乳，大豆原有的豆腥味、脹氣因數和抗營養因數等不足被減弱，消化率大大提高，同時產生了多種具有香味的有機酸、醇、酯、氨基酸等物質。經過發酵後，水溶性蛋白質增加，這使得腐乳極易消化，口味鮮美。

豆腐乳對於病中、病後，脾胃虛弱，進食不香的人群，豆腐乳配粥食，開胃醒脾，能助胃氣，使消化功能早日恢復，對於腫瘤患者而言，適當食用也是可以的。

腐乳中蛋白質含量極其豐富，約在12-22%之間。國家食品質檢中心對北京腐乳的分析測試表明：100g腐乳中蛋白質含量11-12g，可與100g烤鴨媲美；100g腐乳中必需氨基酸含量可供成年人一日需要量，而且腐乳中18種氨基酸齊全。

此外，由豆腐經微生物發酵成腐乳後，水溶性蛋白質含量由3.607%(g／100g蛋白質)增加到54.38%，堿溶性蛋白質含量由91.25%減少到9.24%(紅腐乳)，這使得腐乳極易消化，口味鮮美，蛋白質的消化率可以達到92-96%。

大量研究結果表明，腐乳中所含蛋白質量及其消化性能，完全可以與動物性食品相媲美。

由於微生物的作用，豆腐乳中產生的核黃素(VB2)約130Pg／100g-160Pg／100g，含量比豆腐高6—7倍，在一般食品中僅次於乳品的核黃素含量。核黃素是細胞內脫氫酶的主要成分，它能促進正常生長和維持健康，缺乏時就會有口角潰瘍、唇炎、舌炎、角膜炎、腎囊炎等症狀。

同時腐乳中還含有維生素B12，紅腐乳維生素B12的含量為0.42mg／100g-0.78mg／100g，青腐乳中維生素B12的含量最高達9.8mg／100g-18.8mg／100g，僅次於動物肝臟的維生素B12的含量。而維生素B12在促進人體的造血、預防惡性貧血和營養神經等方面具有重要作用。

此外，腐乳中還含有硫胺素約為0.04mg／100g-0.09mg／100g、尼克酸約0.5mg／100g－1.10mg／100g等。腐乳中也含有豐富的礦物質，腐乳中鈣(108mg／100g-134mg／100g)、鐵(13mg／100g-16mg／100g)、鋅(6ng／100g－8ng／100g)的含量均高於一般的食品。

腐乳作為一種大豆發酵製品，不僅具有大豆本身含有的多種生理活性物質，而且由於微生物的發酵作用，產生了一些大豆沒有的生理活性物質，提高了一些生理活性物質的保健功效，使得腐乳更具有營養和保健功能。

大豆蛋白質經蛋白酶水解後的低分子多肽混合物，已逐步被證明其在營養學方面優於蛋白質和游離的氨基酸。蛋白質在體內消化並不完全以氨基酸形式被吸收，而是以寡肽形式被吸收，二肽和三肽的吸收速度比同一組成的氨基酸快，多肽在腸道內的吸收率最高。人體內蛋白質的吸收實際上大部分是以多肽形式直接吸收的，而小分子大豆肽正好就是一種人體易於消化吸收的化合物。

血管緊張素轉化酶(ACE)抑制劑能阻止血管緊張素的生成，因此可以作為降血壓的藥物。倪莉等的實驗結果表明，腐乳湯汁及水溶物中含有ACE抑制活性酶。已初步推斷其分子量約在1.3kD。因此腐乳中ACE抑制活性酶的存在為食品代替藥物防治高血壓提供了一條新思路。

大豆異黃酮是多酚類混合物，主要包括染料木素(金雀異黃素)、大豆黃素和黃豆黃素等。其中起生理功效的成分主要是染料木素、大豆黃素等。大豆異黃酮能有效地預防和抑制白血病、具有抗腫瘤效應及抗氧化活性、降血脂等多種生物學活性，尤其對乳腺癌和前列腺癌有積極的預防和治療作用。